Ngày 22 tháng 5 năm 1068, thân vương Takahito lên ngôi Thiên hoàng sau khi anh trai là Thiên hoàng Go-Reizei vừa băng hà, hiệu là Thiên hoàng Go-Sanjō[6]. Ông đổi niên hiệu của anh thành niên hiệu Jiryaku nguyên niên (1068 - 1069).

Ngay sau khi lên ngôi, Thiên hoàng Go-Sanjō tiến hành một loạt các cải cách quan trọng[7]:

• Tập trung quyền lực vào tay Thiên hoàng: Ông bãi bỏ chức vụ Nhiếp chính của Fujiwara Norimichi và đích thân chấp chính. Ông trọng dụng các trí thức như Oe no Masafusa, Minamoto Morofusa và nhất là dòng họ Minamoto - dòng họ chính của Thiên hoàng Nhật Bản, ban cho họ chức vụ cao. Đặc biệt, Minamoto Morofusa được cử làm Hữu đại thần.
• Chỉnh lý ruộng đất (trang viên, Shoen): ông ban hành lệnh Enkyū (1069). Lệnh này quy định, các trang viên được lập sau năm 1045 phải có giấy tờ hợp lệ. Nếu không có giấy tờ hợp lệ, các trang viên này được sung vào công lãnh do Quốc ty quản lý. Để thi hành lệnh này, Thiên hoàng thiết lập cơ quan gọi là Kirokusho (Ký lục sở). Đứng đầu cơ quan này là hai đại quan Minamo to no Tsunenaga và Oe no Masafusa (có khuynh hướng chống họ Fujiwara). Cách thức kiểm soát của hai ông là bắt các trang viên phải trình giấy tờ chứng minh đất cát và so sánh giấy tờ ấy với báo cáo của các quan kokushi xem có trùng hợp hay không. Các ông bất kể chúng là trang viên thuộc gia đình dòng họ quý tộc lớn hay không, hễ là trang viên chỉ vừa mới ra đời và thiếu giấy tờ, không đúng quy luật là bắt đình chỉ ngay. Phương pháp ấy đã thu lượm được nhiều thành quả.
• Thống nhất đo lường trong nông nghiệp: Với sắc lệnh Enkyuu no senjimasu (tuyên cáo) ra đời năm 1072, Thiên hoàng định ra cách đo lường một thăng (masu) là bao nhiêu[8], ra lệnh kiểm tra toàn bộ đất canh tác để xem xét đo lường trong cả nước
• Luật pháp: Thiên hoàng cho sửa sang lại các đạo luật trước đó và thống nhất thành đạo luật (ritsuryo) mang niên hiệu của mình (năm 1070). Hai năm sau (1072), Thiên hoàng bắt đầu quản lý ngân khố Hoàng gia.

Ngày 18 tháng 1 năm 1072, Thiên hoàng Go-Sanjō thoái vị, nhường ngôi cho con thứ là thân vương Sadahito. Thân vương sẽ lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Shirakawa[9].

Kugyō

• Kampaku, Fujiwara Norimichi (997-1075).
• Daijō daijin, Fujiwara Norimichi.
• Tả đại thần, Fujiwara Morozone, 1042-1101.
• hữu đại thần
• nội đại thần
• đại nạp ngôn

Niên hiệu

• Jiryaku (1065-1069)
• Enkyū (1069-1074)